Dragonja (obsežnejše besedilo) je edina, v večjem delu toka, zlasti v območju od sotočja s potokom Rokava proti izviru še v naravni podobi ohranjena reka, ki ima v Slovenski Istri izliv v Jadransko morje.

Antropogeni dejavniki so vidni v obliki nedovoljenih kurišč na območju Fernovega mlina, kjer je priljubljeno taborno mesto in pešpoti. Na kakovost vode imajo vpliv zaselki in manjša naselja ob sami razvodnici. Pri rabi tal prevladuje gozd in površine v zaraščanju. Nekdaj, v dobi agrikulturne družbe, je bilo porečje zelo dobro izkoriščeno, kar je vidno po delanih terasah, ki so danes močno zaraščene. Območje od sotočja Rokave in Dragonje do povirnega dela je zaščiteno z začasno odredbo o zavarovanem območju s strani Mestne občine Koper.

Porečje in razvodnica

Porečje Dragonje obsega območje fliša Koprskih brd oz. Šavrinskega gričevja v Slovenski Istri, na južnem območju pa meji na bujski kras. Azimut reke od izvira do izliva v Piranski zaliv je 263° (smer vzhod-zahod).

Severna razvodnica: Poteka od desnega ustja proti vzhodu do naselja Dragonja in naprej preko Sv. Petra, Nove vasi, Ferneta (320), Koštabone, Straže (373), Šmarja, Poljan (406), Pomjana, Straže (377), Babičev, Marezig do Dolgega brda (407).

Južna razvodnica: Nadaljuje se do zaselka Sirči in proti zahodu do Ravnega brda nad Koromači na Veli vrh (462), ki je najvišja točka porečja, ter preko Hrvojev do Kaštela in levega ustja reke Dragonje.

Splošne značilnosti

Porečje reke Dragonje je slabo razvito in vodni pretok je izrazito odvisen od trenutnih količin padavin (dežni režim). Zato je večina pritokov nestalnih, reka pa se poleti pogosto spremeni v niz rečnih jezerc.

Zračna razdalja toka (lmin): ~ 22.037 m
Razdalja po rečni strugi (lr): ~ 27.613 m (skupaj s potokom Štulovca 29,5 km)
Geološka zgradba: Homogeni eocenski sedimenti - fliš. Spodnji tok sega na Bujski kras.
Profil struge Dragonje

Gradient reke Dragonje (avtor: Boštjan Burger / 2006)

Podolžni profil odstopa od uravnoteženega gradienta zlasti v gornjem srednjem delu (90 m – 150 m n.v.), kjer je opazna močna obrežna erozija v lastno naplavino in ujetje struge v peščenjakove plošče.