Podpeško jezero leži na izrazitem geomorfološkem stiku med ravninskim delom Ljubljansko barje in dvignjenim kraškim robom Podpeški hrib. Čeprav je njegova geneza povsem kraška in hidrogeološko neodvisna od barjanskega vodnega sistema, ga prostorsko in krajinsko umeščamo prav na robno cono Barja, kjer se stikata dva temeljno različna geološka svetova. Ta lega mu daje dvojno identiteto: nastanek je kraški, položaj pa barjanski robni.
Jezero je nastalo v globoki udorni kraški kotanji, ki je posledica raztapljanja apnenčaste podlage in postopnega propadanja stropov podzemnih votlin. V dinarskem kraškem svetu so se skozi dolga geološka obdobja oblikovali sistemi razpok, kavern in ponorov, ki so se ob destabilizaciji porušili in ustvarili vertikalno udornico. Ta se je kasneje napolnila z vodo iz kraškega zaledja, zato gre za tipičen primer kraškega udornega jezera, ne pa za jezero, povezano s površinskimi ali barjanskimi procesi.
Kljub tej jasni kraški genezi pa je vpliv Ljubljanskega barja pomemben v širšem prostorskem in hidrološkem smislu. Barje deluje kot obsežna sedimentna kotlina z visoko podtalnico in počasnim vodnim tokom, ki oblikuje mikroklimo in regionalne hidrološke razmere na severni strani roba. Ta regionalna hidrodinamika vpliva na napajanje kraškega roba, saj padavine, ki padejo na prehodnem območju med Barjem in kraškim zaledjem, deloma prispevajo k infiltraciji v apnenčasti svet. Tako Barje ni neposreden del jezerskega sistema, vendar deluje kot širši hidrološki kontekst, ki vpliva na količino in dinamiko vode v kraškem zaledju.
Podpeško jezero je zaradi tega hkrati izoliran kraški vodni objekt in robni kontaktni pojav. Njegova voda je izjemno bistra, saj prihaja iz kraškega vodonosnika, kjer se padavine filtrirajo skozi apnenčaste sklade in v jezero pritekajo kot hladni podzemni izviri. Zaradi stalnega dotoka in stabilnih hidrogeoloških pogojev je jezero eno najglobljih naravnih jezer v Sloveniji, z globino okoli 50 do 51 metrov, kar je nesorazmerno z njegovo površinsko razsežnostjo.
Krajinsko je lega izjemno izrazita, saj se proti severu odpira široka ravnina Ljubljansko barje, proti jugu pa se dvigajo apnenčaste gmote Krimsko hribovje. Prav ta robni prehod ustvarja vizualno in geomorfološko napetost, kjer kraški relief izstopa nad barjansko ravnino in hkrati omogoča stik dveh hidroloških režimov, ki pa ostajata ločena.
Voda v jezeru je zaradi kraškega filtracijskega sistema hladna in izjemno čista, z značilno oligotrofno dinamiko, ki omogoča obstoj specializiranih vodnih organizmov. Ekosistem je stabilen, a občutljiv, saj je neposredno odvisen od kakovosti kraškega zaledja in režima podzemnih voda.
Naselje Podpeč je v zgodovinskem kontekstu tesno povezano z uporabo apnenca iz širšega območja, kjer so že v rimskem času lomili t. i. podpeški kamen, pomemben gradbeni material za antično Emono in kasnejšo Ljubljano. Čeprav je bil ta gospodarski prostor vezan na širše apnenčaste sklade in ne neposredno na jezersko udornico, kaže na dolgotrajno človeško prisotnost v tem robnem krajinskem pasu.
Podpeško jezero je zato mogoče razumeti kot kraški hidrogeološki sistem, ki deluje samostojno, a je hkrati prostorsko vpet v rob Ljubljanskega barja. Njegova posebnost ni v povezavi z barjanskim vodnim sistemom, temveč v tem, da na samem robu Barja razkriva prehod med dvema povsem različnima geološkima in hidrološkima svetovoma.